Şifre Merkür'de, Amerikan hükümetinin geliştirdiği çok karmaşık bir kodu dokuz yaşındaki otistik Simon Lynch çözer. Bu durum onu hedefe dönüştürür. Ailesi öldürüldükten sonra FBI ajanı Art Jeffries Simon’u korumaya alır ve ikisi için kaçış başlar. Kudrow, şifreyi yenilemek yerine çocuğu ortadan kaldırmak ister. Art, Simon’u saklanacak yerden yere götürürken peşlerine silahlı adamlar düşer. Başında Bruce Willis'in olduğu ekip, Simon'u güvenli tutmaya çalışır. Bu sırada Tommy B. Jordan ve Stacey de olayın içine girer. Art, çocuğun zekasını kullanarak izlerini kapatmaya çalışır, Simon ise gördüklerini doğru zamanda paylaşır.