Silinmiş Mesajlar, bir adamın telesekreterinde bulduğu gizemli mesajların ardından başına gelen olayları anlatıyor. Joel, bir akşam eve döndüğünde cihazında garip bir ses kaydı bulur. Bu mesajın ardından çevresindeki ölümler artar ve suç şüphesi onun üstüne yönelir. Joel, adını temize çıkarmak için kendi başına iz sürmeye başlar. Det. Lavery ve Det. Breedlove onu sorgularken, Joel eski ilişkilerini ve geçmişte yaptığı seçimleri yeniden düşünür. Millie ve Claire ile bağlantıları da onu daha zor bir duruma sokar. Her yeni mesaj, onu bir adım daha ileri götürür ve gerçeğe yaklaşırken daha fazla risk almasına neden olur.