Sinek 2, bedenindeki tuhaf değişimlerle baş etmeye çalışan genç bir adamın kapalı bir laboratuvar ortamında geçen hikâyesini izler. Martin, doğduğu andan itibaren bir şirketin gözetimi altında büyütülür. Hızla gelişen zekâsı, gücü ve bedeni onu yaşıtlarından ayırır. Şirket sahibi Bartok, Martin’i iyileştirmek yerine onu incelemeyi seçer. Martin, kendi bedeninde neler olduğunu öğrenmeye çalışırken Beth’e yakınlaşır. Bir yandan da bu yerden kaçmak için plan yapar. Ancak bedenindeki mutant yanlar giderek ağır basar. Martin, hem kendini kurtarmanın hem de dışarı çıkmanın yolunu bulmak zorundadır.