FernGully: Son Yağmur Ormanı'te, büyülü yağmur ormanında Crysta, Pips ve Batty, Hexxus'un ormanı yok etme planlarına karşı koyuyor. Crysta, ormanı korumak için çevresini dolaşıyor, Pips ona yardım ediyor, Batty ise komik halleriyle ekibe eşlik ediyor. Batty Koda rolünde Robin Williams var. Bu sırada Zak Young da ormana geliyor ve gördükleri karşısında Crysta ile yakınlaşıyor. Hexxus, ağaçları ve toprağı tehdit ederken ekip onun planlarını bozmak için birlikte hareket ediyor. Her biri ormanın farklı bir köşesinde yeni bir tehlikeyle karşılaşıyor, ama vazgeçmiyorlar.