Atılgan, bilinmeyen bir bölgede iletişim kuramaz halde mahsur kalır. Kirk, Spock, McCoy, Uhura ve Scotty, gemiyi onarmaya çalışırken güçlü bir düşmanla karşı karşıya gelir. Yorktown üssüne ulaşan tehdit, mürettebatı ayrı ayrı sınar. Kirk, ekibi yeniden bir arada tutmak için zamanla yarışır. Spock’e hayat veren Zachary Quinto, görev sırasında soğukkanlı kalmaya çalışır. Bu sırada gemideki herkes, hem saldırıdan kurtulmanın hem de dönüş yolunu bulmanın peşine düşer. Mürettebat, düşmanın izini sürerken kendi imkânlarıyla hareket eder ve üsse ulaşmadan onu durdurmanın yolunu arar.