Tim Hill, Sünger Bob dünyasını uzun süredir tanıyan bir isim olarak bu macerayı da yönetmektedir. Sünger Bob'un evcil hayvanı Gary, Poseidon tarafından kaçırılınca her şey Kayıp Şehir Atlantis'e taşınmaktadır. Sünger Bob, Patrick ile birlikte Gary'yi geri almak için yola çıkmaktadır. İkili, şehre vardıklarında kendilerini oyunlar, yiyecekler ve yeni keşiflerle dolu bir ortamın içinde bulmaktadır. Ancak bu renkli atmosfer, kurtarma planlarını sık sık aksatmaktadır. Sünger Bob ve Patrick, Gary'ye ulaşmak için çabalarken dikkatleri sürekli dağılmaktadır. Atlantis'in içinde karşılarına çıkan engeller, onları bir yandan oyalamakta, bir yandan da Poseidon'un planına yaklaşmaktadır. Gary'yi kurtarmak için verdikleri mücadele, beklenmedik karşılaşmalarla devam etmektedir.