Kubo ve Sihirli Telleri, ailesini korumaya çalışan genç bir çocuğun, peşine düşen lanetli bir varlıkla yüzleşmesini anlatıyor. Kubo, küçük bir kıyı kasabasında annesiyle birlikte yaşar ve geçimini hikâyeler anlatarak sağlar. Bir gün geçmişten gelen tehlikeli bir güç onun izini sürer. Kubo, kendini korumak için Monkey ile yola çıkar. Yol boyunca onları Beetle da destekler. Kubo, babasına ve ailesinin geçmişine bağlı ipuçlarını takip eder. Bu yolculukta hem düşmanlarından kaçmaya çalışır hem de ona bırakılan mirası anlamaya başlar.