Tehdit, Afrika’da başlayan ölümcül bir virüsün yıllar sonra Amerika’ya sıçramasıyla onu durdurmaya çalışan iki doktorun hikayesini anlatıyor. Otuz yıl önce Afrika’daki bir kasabada, Sam Daniels ve Robby Keough gibi Amerikalı doktorlar salgını kontrol altına almaya çalışır. Ancak üst düzey bir emir gelir ve bölgede bulunan herkes öldürülür. Sorun kapandı sanılır. Yıllar sonra aynı virüs bu kez Yeni Dünya’ya ulaşır ve küçük bir kasabada hızla yayılır. Sam Daniels, eski eşi Robby Keough ile birlikte hastalığın kaynağını izlemeye başlar. General Billy Ford ve Casey Schuler da askerî ve bilimsel tarafta sürece dahil olur. Major Salt ise virüsün yayılmasını durdurmak için sert önlemler almaya çalışır.