The Dead Center, kaybolan bir hastanın geri dönmesiyle başlayan tuhaf ve korkutucu olayları anlatıyor. Doktor Daniel Forrester, hastalarından birinin ortadan kaybolduğunu fark eder. Bir süre sonra John Doe, vücudunda çok sayıda bıçak yarasıyla bulunur ama yaşar. John Doe, öldüğünü ve geri döndüğünü söyler. Bu dönüş sırasında yanında bir varlık getirdiğini, onun da bedeninde yaşadığını ve insanları öldürdüğünü anlatır. Daniel, Sarah Grey ile birlikte bu adamın söylediklerini anlamaya çalışır. Ancak durum hızla daha tehlikeli bir hale gelir ve Daniel, John Doe’nun peşindeki gerçeği araştırmak zorunda kalır.