Lincoln Six Echo ve Jordan Two Delta, dış dünyadan izole edilmiş bir tesiste yaşıyor, Ada’ya seçilmek için bekliyor. Yaşadıkları yerin güvenli bir sığınak olduğuna inanıyorlar, ta ki gerçek ortaya çıkana kadar. Lincoln, kendisiyle ilgili rahatsız edici ipuçlarını fark ediyor ve kaçmaya karar veriyor. Jordan da ona katılıyor, ikisi tesisten çıkıp bilmedikleri bir dünyaya adım atıyor. Yol boyunca onları, başında Sean Bean’in olduğu Dr. Bernard Merrick ve kurumun adamları izliyor. Lincoln ile Jordan, hayatta kalmak için şehirde saklanıyor, peşlerindeki güçlerden kurtulmaya çalışıyor ve Ada’nın ardındaki düzeni anlamaya uğraşıyor.