Thunder Force'te, Emily Stanton çocukluğunda Miscreants yüzünden anne babasını kaybeder ve insanları koruyacak bir süper kahraman serumu geliştirmeye kafayı takar. Yıllar sonra Emily, genetik araştırmalar yürüttüğü teknoloji enstitüsünde çalışırken, eski dostu Lydia Berman ile yeniden buluşur. Lydia, bir inşaat bahçesinde vinç operatörü olarak çalışır ve hayata Emily'den bambaşka bir yoldan devam eder. İkili, eski bir lise buluşmasında yeniden yakınlaşır ve Lydia, Emily'nin denemekte olduğu serumlardan birine istemeden katılır. Lydia'nın bedenine güç kazandıran bu deneyin ardından iki arkadaş, yeni yeteneklerini kontrol etmek için antrenmanlara başlar. Kısa sürede The Crab, The King ve Laser gibi düşmanlarla karşı karşıya gelirler. Peki, Emily ve Lydia bu güçleri doğru kullanıp şehri koruyabilecek midir?