Tom Ve Jerry: Kayıp Ejderha, bir ejderhaya yardım etmek zorunda kalan Tom ve Jerry’nin geçici işbirliğini anlatmaktadır. Tom ve Jerry, sürekli kapışırken ormanda yaralı ve yardıma muhtaç bir ejderhayla karşılaşmaktadır. İkili, önce birbirine güvenmemektedir. Ancak ejderhayı korumak için birlikte hareket etmek zorunda kalmaktadır. Bu süreçte Athena, Drizelda, Haldorf, Elf Elder's Wife ve Tin da onların yolunu kesmektedir. Tom ile Jerry, küçük hesaplarını bir kenara bırakıp ejderhayı güvenli bir yere ulaştırmaya çalışmaktadır. Ne var ki bu birliktelik uzun sürmemektedir ve aralarındaki çekişme yeniden kendini göstermektedir.