Yıllar önce Ceti Alpha 5’e sürülen Khan, Captain Kirk’ü oğlunun ölümünden sorumlu tutar. Bir gün Cmdr. Chekov yanlışlıkla onun bulunduğu bölgeye ışınlanır ve bu hata Khan’a beklediği fırsatı verir. Khan, yanında taşıdığı parazitik yaratıkla insanların zihnini denetler, ardından Yıldızgemisi Reliant’ı ele geçirir. Sonra Genesis Effect için geliştirilen ekipmanı çalar ve bunu Kirk’e ulaşmak için kullanır. Admiral James T. Kirk, Captain Spock, Dr. Leonard McCoy ve Cmdr. Montgomery Scott, onu durdurmak için birlikte hareket eder. Kirk, eski düşmanını bulmak ve kaybettiği insanları korumak için gemisini yeniden göreve çıkarır.