Khan’la yapılan savaşın ardından Amiral Kirk ve Atılgan mürettebatı zafer kazanır, ancak Spock ölmüştür. Kirk, Spock’ın bedenini Genesis gezegeninden almak için gemiyi yeniden hazırlar. McCoy hastalığıyla boğuşurken ekip yola çıkar, fakat gezegenin yüzeyinde onları sert koşullar karşılar. Scotty gemiyi ayakta tutmaya çalışır, Sulu ve Chekov görev başında kalır. Kirk, Spock’a ait ne varsa bulmak için zamanla yarışır. Ne var ki yolculuk sırasında beklenmedik düşmanlar ortaya çıkar ve işler hızla zorlaşır. Mürettebat hem doğa koşullarıyla hem de peşlerine düşen tehlikelerle uğraşırken, bu görev basit bir geri dönüş olmaktan çıkar.