Uzayın Derinliklerinde, Jüpiter 2 ile Alpha Prime’a gitmeye çalışan Robinson Ailesi’nin uzayın ortasında kalan yolculuğunu anlatıyor. Robinsonlar, insanlığın yeni yaşam alanı kurması için seçilen ilk aile olarak yola çıkıyor. Prof. John Robinson, Maureen ve çocukları gemide görevlerini yerine getirmeye çalışıyor. Ancak Dr. Zachary Smith gemiye sızıp sistemi sabote ediyor ve büyük bir arıza yaratıyor. Bunun ardından ekip, rotadan sapmış halde bilinmeyen bir bölgede hayatta kalmaya çalışıyor. Judy Robinson'e hayat veren Heather Graham, ailesiyle birlikte bu tehlikeli yolculukta yer alıyor. Don West de gemiyi onarmak ve ekibi korumak için mücadele ediyor. Robinsonlar, saldırılar, arızalar ve uzay boşluğundaki yeni tehditlerle uğraşırken ilerlemeye çalışıyor.