Jedi eğitimi yarım kalan Anakin Skywalker, Coruscant’ta Padmé Amidala’yı korumaya çalışırken geçmişinden kalan bağlar da yeniden zorlanır. Senato’da Padmé’ye yönelik bir suikast girişimi olur, Anakin ile Obi-Wan Kenobi soruşturmayı derinleştirir. İzler, ayrı sistemlere, yeraltı dünyasına ve gizli bir klon ordusunun doğduğu Kamino’ya uzanır. Hayden Christensen’in canlandırdığı Anakin, Padmé ile birlikte Naboo’ya giderken, Obi-Wan da ipuçlarını tek başına takip eder. Bu sırada Count Dooku, ayrılıkçı güçlerin başında öne çıkar ve yeni bir savaşın işaretleri belirir. Anakin, annesini bulduğunda yaşadığı acı yüzünden kontrolünü kaybediyor, Obi-Wan ise Geonosis’te ortaya çıkan tehdidin peşinden gidiyor. Padmé, Anakin ve Obi-Wan kendilerini savaşın ilk büyük çatışmasının ortasında bulur.