Judy Hopps, Zootropolis’te kaybolan bir kişinin izini sürerken Nick Wilde’ı yanına alır. İkili, basit sandıkları bu vakada şehirde dolaşan daha büyük bir planın işaretlerini bulur. Soruşturma onları farklı semtlere, yeraltı geçitlerine ve tehlikeli takiplerin içine götürür. Judy, kurallara güvenmeye çalışırken Nick daha temkinli davranır. İkisi de peşlerine düşen kişilerden kaçarken kendi korkularıyla yüzleşir. Aramalar derinleştikçe, Ke Huy Quan, Fortune Feimster ve Andy Samberg’in canlandırdığı kişiler de olayın içine girer. Judy ve Nick, doğru kararı vermek için birbirlerine her zamankinden fazla ihtiyaç duyar. Şehrin kaderi, bu davayı nasıl çözeceklerine bağlıdır.