Mavi Gezegen, dünya okyanuslarındaki canlıları ve onların hayatta kalma mücadelesini konu almaktadır. Yolculuk, kıyılardan açık denizlere, mercan resiflerinden karanlık okyanus çukurlarına uzanmaktadır. Kameralar, av arayan yırtıcıları, göç eden balinaları ve yavrularını koruyan deniz canlılarını izlemektedir. Besin azlığı, sert akıntılar ve ani saldırılar her türü farklı yöntemler geliştirmeye zorlamaktadır. Anlatıcı'ya sesiyle hayat veren David Attenborough, bu yaşam alanlarındaki davranışları ve karşılaşılan tehlikeleri aktarmaktadır. Derin sularda güneş ışığı kaybolmakta, burada yaşayan türler kendi ışıklarını üretmektedir. Kutup denizlerinde ise canlılar buzların arasında yiyecek bulmaya çalışmaktadır. Daha önce kayda alınmamış avlanma biçimleri ve yeni türler, okyanusların en uzak bölgelerinde takip edilmektedir.