Afacan Köpek Beethoven 2, Beethoven ile Missy’nin yakınlaşması ve buna karşı duran sahiplerin arasında yaşananları anlatıyor. Beethoven, Missy ile karşılaşınca ona hemen ilgi duyar ve onun peşinden ayrılmak istemez. Missy’nin sahibi bu yakınlığı istemez, bu yüzden ikisini ayrı tutmaya çalışır. George, Alice, Ryce, Ted ve Emily evde bu iki köpeği aynı yerde tutmak için uğraşır. Beethoven ise fırsat buldukça Missy’nin yanına gider, parkta, bahçede ve ev çevresinde onu arar. Ne var ki engeller artsa da ikisi birbirine daha çok bağlanır. Sonunda Missy’nin sahibi bile bu dostluğa boyun eğer, peki bu ikiliyi bundan sonra neler bekler?