Animatrix, insanlarla makineler arasındaki savaşın ortasında geçen kısa animasyon öykülerini anlatıyor. Final Flight of the Osiris bölümünde, Osiris adlı geminin mürettebatı Zion’a ulaşmak üzere yola çıkmaktadır. Jue ve arkadaşları, düşman makinelerin kuşattığı bölgede ilerlemeye çalışmaktadır. Gemide taşınan mesaj, Zion için büyük önem taşımaktadır. Ancak makineler peşlerini bırakmamaktadır. Mürettebat, hem saldırılardan kurtulmaya hem de mesajı hedefe ulaştırmaya çalışmaktadır. Kid's Story ve A Detective Story bölümlerinde Neo, Trinity ve The Kid gibi karakterlerin Matrix içindeki ve dışındaki mücadelesi izlenmektedir. Matriculated bölümünde ise Alexa, makinelerle farklı bir temas kurmaya çalışan bir grubun parçası olmaktadır.