Appleseed Alpha, genç savaşçı Deunan ile cyborg ortağı Briareos’un distopik bir gelecekte insanlığın izini süren tehlikeli yolculuğunu anlatıyor. Deunan, yıkılmış dünyanın ortasında efsanevi Olympus şehrine ulaşmak için yola çıkar. Briareos ile birlikte harabeler arasında ilerler, düşman gruplarla çatışır ve hayatta kalmak için sürekli savaşır. Yol boyunca karşılarına çıkan engeller, onları hem birbirlerine hem de amaçlarına daha sıkı bağlar. Yuka Komatsu'nun oynadığı Deunan ve Jyunichi Suwabe'nin oynadığı Briareos, bu arayışta en önde yer alır. Iris, Olson ve Talos ise bu yolculukta onların karşısına çıkan isimler arasında öne çıkar. Peki bu iki savaşçı, Olympus’a ulaşmadan önce kendilerini bekleyen son sınavı geçebilecek midir?