Cyborg She, yalnız bir üniversite öğrencisinin hayatına giren gizemli bir kızla başlayan ve bu kızın gelecekte bir cyborg olduğunu öğrenince değişen ilişkilerini anlatıyor. Jiro Kitamura günlerini sıradan geçirir, çevresindeki insanlarla bağı zayıftır. Bir gün karşısına çıkan Cyborg, onu alışılmadık bir şekilde etkiler. Jiro Kitamura'ya hayat veren Keisuke Koide ile Cyborg'a hayat veren Aya Tademaru, bu tuhaf yakınlaşmayı taşıyan merkezde yer alır. Cyborg, bir süre sonra geçmişten değil, gelecekten geldiğini açıklar. Jiro bunu kabul etmeye çalışırken, ikisi birlikte zamanın akışına ayak uydurmaya çalışır. Kızın anlattıkları arttıkça Jiro'nun hayatı da değişir. Ev, sokak ve okul arasında geçen bu yakınlık, ikisini de zorlar. Jiro, onun yanında kalmak ister, Cyborg ise kendi yoluna dönmeye hazırlanır.