Prof. Pierre Arronax, okyanusları inceleyen bir bilim insanıdır. Bir deniz canavarı söylentisinin peşine düşer, Conseil ile birlikte denize açılır ve Ned Land da onlara katılır. Yolculuk sırasında gemileri saldırıya uğrar, üçü denize düşer ve Nautilus tarafından kurtarılır. Burada Captain Nemo ile karşılaşırlar. Captain Nemo, onları gemide tutar ve denizlerin derinliklerine götürür. Prof. Pierre Arronax, Nautilus’un içinde su altı canlılarını, batık gemileri ve gizli suları görür. Ned Land ise kaçmak için fırsat arar. Mürettebat, denizin altında ilerlerken fırtınalara, saldırılara ve tehlikeli geçitlere girer. Prof. Pierre Arronax, Captain Nemo’nun peşindeki amacı anlamaya çalışır.