Eşini kaybettikten sonra Dr. John Dolittle, büyük malikanesine çekilip günlerini sessizlik içinde geçiriyor. Evinde yalnız kalmayı seçse de kapısına gelen bir haber onu yeniden yola çıkarıyor. Kraliçe, Dr. John Dolittle’den uzak bir adaya gidip özel bir görev üstlenmesini ister. Dr. John Dolittle, yanında Tommy Stubbins ve birkaç hayvan arkadaşıyla birlikte denize açılıyor. Yol boyunca gemideki düzen bozuluyor, yolculuk uzuyor ve ekip sık sık zor durumda kalıyor. Dr. Blair Müdfly de onları takip ediyor, Lord Thomas Badgley ise saray tarafında baskıyı artırıyor. Adaya vardıklarında King Rassouli ile karşı karşıya geliyorlar. Dr. John Dolittle, hayvanlarla konuşma yeteneğini kullanarak ekibini korumaya ve görevi tamamlamaya çalışıyor.