Dr. Parnassus, hayal gücünü kullanarak insanları etkileyen bir adamın, kızını Bay Nick’in elinden kurtarmaya çalışmasını anlatıyor. Yıllar önce ölümsüzlük için şeytanla bir anlaşma yapar, sonra gerçek aşkıyla tanışınca gençliğini geri ister. Bunun karşılığında kızını, Valentina’yı, 16 yaşına geldiğinde Bay Nick’e vermeyi kabul eder. Christopher Plummer’ın Doctor Parnassus’u, seyahat eden topluluğuyla birlikte bu borcu bozmaya çalışır. Heath Ledger’ın Tony’si topluluğa katılır, ama onun gelişi işleri daha da zorlaştırır. Anton, Percy ve Valentina ile birlikte Parnassus, kızını korumak için zamanla yarışır. Bay Nick ise sözünü unutmuyor ve anlaşmayı tahsil etmek için adım adım yaklaşır.