Eyvah Öğretmenim!, Felix’in küçülttüğü okul müdürünü gizleyerek okulda ayakta kalma çabasını anlatıyor. Felix on bir yaşındadır ve eski müdürün ruhunun yardımıyla yeni müdür Schmitt-Gössenwein’i yanlışlıkla küçültür. Müdür şimdi sadece 15 santim boyundadır ve Felix’in sırt çantasında saklanır. Felix okula giderken onu yanında taşımak zorunda kalır, bu da derslerde ve koridorlarda işini zorlaştırır. Küçük müdür yine de yönetici gibi davranır, Felix’e sürekli seslenir ve onu sıkıştırır. Felix bir yandan bu durumu gizlemeye, bir yandan da okulda her şeyin yolunda gitmesini sağlamaya çalışır. Ella, Peter ve okul müfettişi Henning de bu karmaşanın içine girer.