Gökteki Kale, gökten düşen bir kız ile onu kurtaran bir çocuğun efsanevi bir kaleyi ararken peşlerine düşenleri atlatarak hayatta kalma mücadelesini anlatmaktadır. Devlet için çalışan silahlı adamlar, Sheeta’yı bir hava gemisinde tutmaktadır. Korsanların saldırısı sırasında Sheeta kaçmaya çalışmıştır, ancak aşağı düşmüştür. Boynundaki mavi taşlı kolye parlayınca düşüşü yavaşlamıştır. Maden kasabasında çalışan Pazu, onu fark edip evine götürmüştür. İki çocuk kısa süre içinde Laputa adlı gökteki kaleye dair izleri takip etmeye başlamıştır. Ancak Muska adlı görevli, Sheeta’nın peşini bırakmamaktadır. Dola ve korsanlar da bu arayışa karışınca, çocukların yolu daha da zorlaşmıştır.