Hannibal Doğuyor, küçük Hannibal Lecter’in çocukluk travmalarıyla büyüyüp intikam arayışına girmesini anlatıyor. Litvanya’da bir yetimhanede yaşayan Hannibal, arkadaşlarıyla uyum kurmakta zorlanır ve geceleri kabuslarla uyanır. Bir gün oradan kaçar ve Paris’e, amcasının yanına gitmeye çalışır. Ancak Paris’e vardığında amcasının öldüğünü öğrenir. Amcasının eşi Murasaki Shibuku, onu yanına alır ve ona yemek yapmayı, müzik ile resimle ilgilenmeyi öğretir. Hannibal tıp eğitimine başlar, ama çocukluğundaki korkunç anılar peşini bırakmaz. Gördüğü savaş suçlularını iz sürerek bulmaya çalışır. Küçük kız kardeşini öldüren adamlarla hesaplaşmak ister ve yolunu karanlık bir intikam isteği belirler.