Cehennemden gelen Hellboy, küçük yaşta Profesör Broom tarafından bulunup gizli bir birimde büyütülür. Kırmızı derisi, kocaman eli ve doğaüstü gücüyle dışarıdan farklı görünür, ama insanları korumak için çalışır. John Myers yeni görev için ekibe katılırken, Hellboy, Liz Sherman ve Abe Sapien ile birlikte doğaüstü vakaları araştırmaya başlar. Grigori Rasputin’in karanlık planı yeniden ortaya çıkar. Hellboy, kendi kökenine bağlı bu tehdidin peşine düşer. Liz’in kontrol etmeye çalıştığı ateş gücü, ekipteki mücadeleyi daha da zorlaştırır. Peş peşe gelen saldırılar, Hellboy’u hem düşmanlarıyla hem de kendi geçmişiyle yüzleşmeye zorlar.