Homunculus, hafızasını kaybeden evsiz Susumu Nakoshi’nin, kafatasına delik açılan bir deneyden sonra insanların sakladığı travmaları görmeye başlamasını anlatıyor. Susumu, sokakta terk edilmiş bir arabada yaşar ve geçmişine dair hiçbir şey hatırlamaz. Tıp öğrencisi Manabu, trepanasyon için ona para teklif eder. Ev olarak kullandığı araba kaldırılınca teklifi kabul eder ve ameliyat olur. İşlem sorunsuz geçer. Ancak Susumu kısa süre sonra sağ gözünü kapattığında, karşısındaki kişilerin gizli korkularını ve yaralarını görür. Bu yeteneği önce onu korkutur, sonra da peşini bırakmaz. Susumu, gördüklerini kullanarak iyi ile kötüyü ayırmaya çalışır.