Görünmez Kız, görünmez olma gücü kazanan Sue’nun, kaçırılan annesini kurtarmak için verdiği mücadeleyi anlatıyor. Sue, çizgi romanlara meraklı bir öğrencidir ve annesi Maria, laboratuvarda NT26D adlı bir serum üzerinde çalışır. Laboratuvarda yaşanan patlama sırasında serum Sue’ya bulaşır ve Sue bir anda görünmez olabilir. Gücünü anlamaya çalışırken Maria kaçırılır. Sue, okuldaki arkadaşları Tobi ve Kaya ile birlikte onu bulmak için yola çıkar. Üçlü, iz sürerken tehlikeli engellerle karşılaşır ve Sue, annesine ulaşmak için yeni yeteneğini kullanmayı öğrenir.