Karanlık Dalgalar, geçmişte köpekbalığı saldırısı yaşamış Brady ile Kate ve Jeff’in derin sularda çıktıkları dalışta dev bir beyaz köpekbalığıyla karşı karşıya kalmasını anlatıyor. Brady, bu yolculuğa temkinli girer, suyun altında ilerledikçe eski korkusu yeniden yüzeye çıkar. Kate ile Jeff ona güvenir, ama köpekbalığı aniden ortaya çıkar ve ekip panikle kaçmaya başlar. Brady'nin geçmişini taşıyan bu korkulu anlarda Kate’i Halle Berry oynuyor. Jeff’i Olivier Martinez oynuyor. Dar alanda yön bulmaya çalışan üçlü, oksijenleri azalırken kurtulmak için çaba harcar. Themba ve Tommy de onlara eşlik eder, fakat köpekbalığı peşlerini bırakmaz. Suların içinde doğru yolu ararken, her hamleleri hayatlarını belirler.