Kötülüğün Kökeni, yıllardır görmediği babasının peşine düşen Stephane’in, yabancı olduğu bir evde kendi hayatıyla yüzleşmesini anlatıyor. Stephane, konserve fabrikasında çalışırken Serge ile yeniden bağlantı kurar ve babasının zengin bir köşkte yaşadığını öğrenir. Eve gittiğinde Nathalie, George ve Louise ile karşılaşır, herkesin kendi hesabı vardır ve bu evde para konuşuluyor. Serge çevresindeki kadınlar, ondan pay almaya çalışır, Stephane ise hem bu düzenin içine girer hem de sakladığı şeyleri gizlemeye uğraşır. Inmate de bu evdeki baskıyı büyütür, Stephane’in işi zorlaşır. O, babasının dünyasında tutunmaya çalışırken evin içindeki ilişkilere daha fazla yaklaşır, ama her adımı yeni bir sorun çıkarır.