Kovboy Çocuklar, trenle Amerika’yı boydan boya geçen iki İrlandalı yetimin yeni bir yuva ararken başlarına gelenleri anlatıyor. Mary ve Tom, yolculuk boyunca vagonlarda saklanıyor, yiyecek bulmaya çalışıyor ve karşılarına çıkan tehlikeli insanlardan kaçıyor. Harap kasabalardan geçerken soygun girişimleri, kovalamacalar ve sınır bekçileriyle uğraşıyorlar. Nick adında sıra dışı biri onlara yardım etmeye başlıyor. Eleanor da bu yolculukta yanlarına geliyor. Mary ve Tom, yolda birbirlerine daha sıkı tutunuyor, hayatta kalmak için akıllarını ve cesaretlerini kullanıyor.