Madagaskar 2'te, Alex Afrika'da bir rezervde babası Zuba ile birlikte büyürken kaçak avcılar onu yakalayıp New York'a götürür. Yıllar sonra Alex, Marty, Gloria ve Melman hayvanat bahçesinde rahat bir düzene alışır, ama Marty vahşi doğaya dönmeyi ister. Bu istek onları bir yolculuğa çıkarır ve bir gemiyle Afrika'ya doğru yola koyulurlar. Gemi karaya oturunca grup kendini Alex'in geçmişiyle yüzleştiği topraklarda bulur. Alex, ailesiyle yeniden bağ kurmaya çalışır. Bu sırada Makunga, Zuba'ya karşı üstünlük kurmak için plan yapar. Alex ve arkadaşları, yeni çevrede yerlerini bulmaya çalışırken peş peşe sorunlarla uğraşır. Başrollerde Ben Stiller, Chris Rock, David Schwimmer, Jada Pinkett Smith ve Sacha Baron Cohen yer alıyor.