Madly Madagascar, Sevgililer Günü yaklaşırken Alex’in Lila’ya ulaşmak için arkadaşlarıyla birlikte çıktığı romantik bir macerayı anlatıyor. Hayvanat bahçesinde yaşayan Alex, Lila’ya âşık olmaktadır ve onun ilgisini kazanmak için Melman, Marty ile Gloria’dan yardım istemektedir. Üçlü, Alex için özel bir gün hazırlamaya çalışırken çeşitli aksiliklerle uğraşmaktadır. Bu sırada Melman, Penelope ile tanışmaktadır. Marty ise Daisy ve Stella arasında kalmaktadır. İki zebra da onun dikkatini çekmek için yarışmaktadır. Marty, hem arkadaşlarına destek olurken hem de kendi duygularını anlamaya çalışmaktadır.