Marnie Oradayken, Anna'nın Hokkaido kıyısındaki bir köyde Marnie ile tanışıp onun geçmişini anlamaya çalışmasını anlatıyor. Anna, yetimhaneden uzakta, bataklık kıyısındaki bu sakin yerde günlerini tek başına geçirir. İnsanlardan uzak durur, kendi içine kapanır ve kimseye yaklaşmaz. Bir gün Marnie ile karşılaşır, ikisi kısa sürede yakınlaşır. Anna, Marnie ile sık sık buluşuyor, onun yaşadığı eve ve çevresine dair ayrıntıları öğrenmeye çalışır. Ancak Marnie'nin anlattıkları Anna'yı daha da meraklandırır. Köyde geçirdiği bu günlerde Anna, kendi geçmişine dair de yeni şeyler fark eder. Marnie gerçekten kimdir, Anna onun peşindeki bu izleri sonuna kadar takip edebilecek midir?