My Little Pony Filmi'de, Ponyville’de huzur içinde yaşayan Twilight Sparkle ve arkadaşları, derinlerden yükselen bir tehdit nedeniyle güvenli hayatlarını bırakmak zorunda kalmaktadır. Şehri koruyacak gücü bulmak için yola çıkmakta, yeni dostlar edinmeye çalışmakta ve arkadaşlık sihrine yeniden sarılmaktadırlar. Bu yolculukta, Applejack’e hayat veren Ashleigh Ball ve Twilight Sparkle’a hayat veren Tara Strong, ekip olarak birlikte hareket etmektedir. Pinkie Pie, Rarity ve Spike da bu arayışta onlara eşlik etmektedir. Ancak karşılarına çıkan karanlık güç, onları zor seçimlerle yüz yüze bırakmaktadır. Ponyville’i kurtarmak için verdikleri mücadelede, birbirlerine duydukları güveni korumaları gerekmektedir.