Ninja Kaplumbağalar, radyasyona maruz kalan dört kaplumbağanın kanalizasyonlarda Splinter ile karşılaşıp dövüş sanatları öğrenerek suçla savaşmasını anlatıyor. Michelangelo, Raphael, Leonardo ve Donatello yer altındaki sığınaklarında yaşar, Splinter onları eğitir ve her birine ayrı bir ad verir. Kaplumbağalar, eğitimin ardından şehre çıkıp ilk kez düzeni bozan kişilerin peşine düşer. Bu sırada April, onların varlığını öğrenir ve güvenlerini kazanır. April, kaplumbağalarla birlikte hareket eder. Dört kardeş ve April, Shredder’ın planlarına karşı koymak için birlikte mücadele eder.