Ninja Kaplumbağalar 2: Sızıntının Esrarı, Shredder’ın son ooze kapsülünü ele geçirip yeni mutantlar yaratma planına karşı Ninja Kaplumbağalar’ın verdiği mücadeleyi anlatıyor. Shredder, kapsülü kullanarak kendi ordusunu kurmaya çalışıyor. Leonardo, Raphael, Michaelangelo ve Donatello bu planı durdurmak için harekete geçiyor. April O'Neil de araştırmalarında onlara destek oluyor. Kaplumbağalar, ooze’un peşinde şehrin içinde iz sürüyor ve Shredder’ın adamlarıyla karşı karşıya geliyor. Her adımda yeni bir tuzakla uğraşıyorlar. Amaçları hem kapsülü korumak hem de Shredder’ın eline geçmesini önlemek. Bu mücadele onları doğrudan Shredder’la yüz yüze getiriyor.