Kaplumbağa kardeşler, yıllardır saklandıkları yerden çıkar ve New York sokaklarına karışır. İnsanlar arasında normal gençler gibi kabul edilmek isterler. Bu sırada April O’Neil ile tanışırlar ve ondan şehirdeki gizli suç planını öğrenirler. Üstelik bu planı durdurmak için birlikte çalışmaları gerekir. Kısa sürede işleri büyüten tehlike, onların peşine düşen mutantlarla daha da zorlaşır. Leonardo, Raphael, Donatello ve Michelangelo, hem şehri korumak hem de yeni hayatlarına tutunmak için savaşır. Peki, kardeşler bu tehlikeli kovalamacadan sağ çıkıp şehri kurtarabilecek midir?