Ölümcül Deney 3: İnsanlığın Sonu, Alice’in çölde hayatta kalma mücadelesini ve onu yok etmeye çalışan Umbrella ekibine karşı verilen savaşı anlatıyor. Alice, çölde tek başına dolaşır ve virüsün yayılmasını durdurmaya çalışır. Carlos ve L.J. de ona katılır, birlikte güvenli bir yol ararlar. Yolda Claire, K-Mart ve Betty ile karşılaşırlar. Grup, yiyecek ve yakıt bulmak için terk edilmiş yerleşimlere girer. Bu sırada Dr. Isaacs, Alice’i izler ve onu yeniden ele geçirmek ister. Umbrella'nın adamları iz sürer, saldırılar düzenler ve ekip sürekli yer değiştirir. Alice, karşısına çıkan tehlikelere rağmen yoluna devam eder ve arkadaşlarını korumaya çalışır.