Peter Parker, uzaydan gelen siyah bir organizmanın etkisiyle kostümünü değiştirir ve davranışları sertleşir. Günlük hayatında Mary Jane Watson ile ilişkisi zorlanır, çevresindekiler onun değişimini fark eder. Harry Osborn, babasının intikamını almak için Peter’ın peşine düşer. Bu sırada Sandman, şehirde yeni bir tehdit olarak ortaya çıkar ve Peter’ın işini daha da zorlaştırır. Hikayenin ortalarında New Goblin rolüyle James Franco, Peter’ın karşısına çıkar, Mary Jane Watson rolüyle Kirsten Dunst ise Peter’ın yıpranan özel hayatını taşır. Eddie Brock da kendi karanlık dönüşümünü yaşar ve Venom olarak Peter’a saldırır. Peter, hem yeni düşmanlarla hem de kendi içindeki bu karanlık güçle mücadele eder.