Rurouni Kenshin: Final, Kenshin Himura’nın geçmişinden gelen bir intikam planı yüzünden yeniden kılıcını kuşanmak zorunda kalmasını anlatıyor. Sakin bir yaşam süren Kenshin, sık uğradığı Akabeko restoranının yıkıldığını görünce ne olduğunu anlamaya çalışıyor. Orada bulduğu gizemli not, onu eski günlerine bağlıyor ve peşindeki düşmanın kim olduğunu hatırlatıyor. Bu saldırının ardından Kaoru Kamiya ve çevresindeki dostları da tehlikenin içine çekiliyor. Kenshin, hem onları korumak hem de geçmişte yarım kalan hesabı kapatmak için Enishi Yukishiro ile yüzleşmeye hazırlanıyor. Sanosuke Sagara ve Megumi Takani de bu çatışmanın içinde yer alıyor.