Savaşın Çiçekleri'te, 1937 yılında Nanking kenti Japon İmparator Ordusu tarafından işgal edilmektedir. Saldırıdan kaçan siviller, eski bir katedralin içine sığınmaktadır. John Miller, önce yalnızca okul çağındaki kızları korumaya çalışmaktadır. Ancak kısa süre sonra bölgedeki fahişeler olarak bilinen kadınlar da güvenlik için aynı kiliseye alınmaktadır. Peder yetkisi olmadığı halde ölen bir pederin yerine geçen John, bu kadınları askerlerden uzak tutmak için çaba göstermektedir. Dışarıda işgal sürerken, içeride kalanlar korku içinde beklemektedir. John ile Yu Mo, Shujuan Meng ve diğerleri, katedralin kapılarını kapalı tutmaya çalışmaktadır. Major Li ve Lt. Kato ise şehri sıkı baskı altında tutmaktadır. Filmin başrollerinde Christian Bale, Nghê Ni, Tong Da Wei, Xinyi Zhang ve Shigeo Kobayashi yer almaktadır.