Shaggy Rogers, yalnız dolaşan utangaç bir gençtir. Scooby-Dooby-Doo adını verdiği konuşan köpeği bulunca onu yanına alır. Cadılar Bayramı gecesi, Scooby ve Shaggy, Fred, Daphne ve Velma ile aynı yere gelir. Burada maskeli bir hırsızın peşine düşerler ve karşılarına çıkan hayalet yüzünden ilk kez birlikte hareket ederler. Bu olaydan sonra Mystery Inc. adında bir ekip kurarlar ve yıllar boyunca küçük büyük birçok işi üstlenirler. On yıl sonra Simon Cowell, ekip için yeni bir ortaklık kurmaya çalışır ama Shaggy ve Scooby'yi dışarıda bırakır. İkili bu durumdan sonra gruptan ayrılır. Gece bowling salonunda saldırıya uğrarlar, Rottens adlı robotlar peşlerine düşer. Ardından Blue Falcon ve Dynomutt onları kurtarır. Hikaye, Scooby'yi hedef alan Dick Dastardly'nin planına doğru ilerler. Başrollerde Will Forte, Frank Welker, Mark Wahlberg, Jason Isaacs ve Ken Jeong yer alıyor.