Scooby-Doo ve ekibi, çölde yollarını kaybedip araçlarıyla bir araştırma istasyonunun yakınında kaza yapar. Tozlu yolda uçan daire sandıkları şeye çarparlar, meğer bu sadece bir kaktüstür. Bölgedeki insanlar, uzaylı kaçırılmalarıyla ilgili hikayeler anlatır ve kasaba bu söylentilerle dolup taşar. Scooby ve arkadaşları, çölün ortasında kurulan bu garip düzeni incelemeye başlar. Crystal rolüyle Candi Milo, onlara yerel çevreyi anlatan kişi olarak öne çıkar. Fred, Daphne, Velma ve Shaggy iz sürerken, gece çölde dolaşan ışıklar ve yüksek duvarların ardına saklanan işaretler dikkatlerini çeker. Ancak attıkları her adımda yeni bir tuhaflıkla karşılaşırlar. Scooby de bu kez hayalet değil, uzaylı sanılan şeylerin peşine düşer.