Sevimli Hayvanlar, çevresel felaketler yüzünden yuvalarını terk etmek zorunda kalan hayvanların hayatta kalma çabasını anlatıyor. Cesur Fransız horoz Charles, farklı hayvanları bir araya getirir ve onları güvenli bir yere götürmek için yola çıkar. Eriyip yok olan buzullar ve büyük yangınlar yüzünden yaşadıkları yerler tehlikeye girer. Grup, paslı bir banyo küvetiyle okyanusu geçmeyi planlar, ama denizdeki petrol sızıntıları da peşlerini bırakmaz. Yol onları Afrika'daki Okavango Deltası'na götürür. Billy, Sokrates, Angie ve Smith, burada insanlardan uzak bir yaşam kurmaya çalışır. Ancak yol boyunca karşılarına çıkan tehlikeler onları sürekli zorlar. Peki bu küçük grup, yeni bir yuva bulmayı başarabilecek midir?