Taika Waititi, Jojo Rabbit ile savaşın ortasında büyüyen bir çocuğun dünyasını kara mizahla anlatmaktadır. Jojo Betzler, Hitler Gençliği’nde yer alan küçük bir çocuktur. Evinde saklanan Yahudi bir kız olduğunu öğrenir ve bu sırrı korumak zorunda kalır. Çatı katında gizlenen Elsa ile aynı evde yaşamak, onun için kolay olmamaktadır. Jojo’nun hayali arkadaşı Adolf Hitler ise ona sürekli yanlış yönler fısıldamaktadır. Annesi Rosie ile bağı güçlenirken, Jojo çevresindeki baskıyla ve kendi korkularıyla yüzleşmektedir. Elsa’ya hayat veren Thomasin McKenzie, Jojo’nun evdeki hayatını değiştiren bu gizli düzenin merkezinde yer almaktadır. Jojo, gördükleri karşısında neye inanacağını seçmek zorunda kalmaktadır.