Hitman: Ajan 47, genetik olarak tasarlanmış bir suikastçının, kendisini ve geçmişini hedef alan bir şirkete karşı verdiği mücadeleyi anlatıyor. Ajan 47, boynundaki barkodla tanınan, özel eğitimli bir öldürme makinesi olarak görev yapıyor. İzini sürdüğü şirket, onu aşan bir suikast ordusu kurmaya çalışıyor ve bunun için Katia’yı kullanmak istiyor. Ajan 47, Katia ile yollarını birleştiriyor ve onu korumaya çalışıyor. John Smith, Fabian ve Dr. Delriego da bu kovalamacanın içine giriyor. Ajan 47, peşindeki düşmanları tek tek alt etmeye çalışırken Katia ile birlikte sürekli yer değiştiriyor. Ancak karşılarına çıkan güç, sandıklarından çok daha sert çıkıyor.